1948年初，青城发生了一起美军被刺杀案件，特调局要员俞北平被派往青城调查此案。俞北平真实身份为中共，他深知特调局委派自己调查此案的深层目的，旨在甄别自己的身份。深陷危机的俞北平在青城见到失散多年的亲生女儿。女儿身份神秘，正在调查自己。俞北平与现任妻子的女儿徐丹妮在青城上大学，思想左倾，对父亲特务身份嗤之以鼻，正爱着一名有家室的教授，让俞北平很苦恼。俞北平一方面要完成组织最高任务，一方面小心翼翼保护着自己的两个女儿。最终，大女儿为保护他而牺牲，小女儿直到和父亲分离，才恍然明白：父亲是一名真正的共产党员。但从此两人却永隔天涯。

第1集
  1948年春，国民党情报机构发现中共活动踪迹，南京国防部二厅郑翊处长一路追查，锁定道济银行董事长张瀚民。危急关头，张瀚民为掩护深度潜伏的同志俞北平自杀。俞北平的公开身份是南京国防部二厅军事技术处处长，既是郑翊的同事，又是二厅副厅长徐文正的女婿。在张瀚民事件中，俞北平被郑翊盯上，20多年的潜伏生涯面临终结。与此同时，远在山东清城，美军少校约翰被刺杀，所携绝密文件或已泄露。徐文正接到郑翊的报告后，决定任命俞北平为特派员，前往清城调查此案。此举一箭双雕，既能查清约翰枪杀案真相，又能甄别俞北平的真实身份。此时的俞北平已走入死局，张瀚民之死使他失去了上线联络员。张瀚民临终前托付他进一步追查代号“比基尼”的《清城轴心中美联合攻防部署》，也已成为一项不可能完成的任务。而徐文正和郑翊已经在清城，为俞北平准备下了一个精心谋划的陷阱。

第2集
  徐正文的副官田昱告诉俞北平清城防务方案的与会人员共有五人，分别是清城特调局副主任蒋维民，情报处主任程忠义，技术部长张炳坤，行政处秘书舒晓梅以及办公室主任秘书范自强，而约翰少校的行程只有他们五人知道，他们有最大嫌疑。与此同时，美军驻清城港口指挥部情报处中尉林莎正在调查约翰案的现场遗留物，正当程忠义同舒晓梅吃饭时，林莎正好找到他。林莎告诉他检测结果，并表示美方已经介入调查。俞北平同妻子徐咏仪前往清城，一路上徐咏仪很是担心女儿徐丹妮。徐咏仪见到徐丹妮被拷在审讯椅上的场景揪心不已，俞北平劝徐咏仪冷静下来，并亲自去询问徐丹妮。

第3集
  郑翊驱车赶往清城调查俞北平，徐文正在窗口目送她离开。随后，他跟田昱商讨约翰案一事，并表明党国目前的首要之事便是让比基尼计划顺利进行。与此同时，在俞北平处所，徐咏仪借口去泡茶，留下俞北平同徐丹妮单独相处。俞北平借此机会劝诫徐丹妮做人要懂得灵活变通，并诚恳地向她道歉。俞北平到美方同安德烈会面。俞北平到吴昆才办公室，来查看特调局那五个人的档案，张凯见此便先行离开。俞北平回家后，蒋维民打电话来，告知俞北平约翰案一事是个针对局内高层的阴谋，并透露他同其他四人的住处都被一级监控。

第4集
  吴昆才向郑翊讨要监控俞北平的理由，害怕得罪徐文正。郑翊告诉吴昆才怀疑俞北平的线索，吴昆才表面允诺，心里依然觉得是高层的内斗。“约翰案”随着舞女赵冰冰的出现有了重大突破。有证据表明，蒋维民伙同赵冰冰里应外合共同策划谋杀约翰，蒋维民、赵冰冰疑为共产党，尤其赵冰冰在事发后便失踪了。得知这一消息，俞北平心情复杂，蒋维民如果身份可靠，将是他与组织联系的救命稻草。

第5集
  甄别蒋维民身份陷入困顿之时，俞北平的女儿徐丹妮再出状况。俞北平惊讶地发现，女儿竟将共产党员曹旭东藏匿在家中。俞北平震怒，父女俩剑拔弩张，徐丹妮不惜以死相逼，俞北平不得不让步，冒险保护曹旭东。徐丹妮为何能突破小白楼层层警卫，将一个共产党员带回家。俞北平感觉自己掉进了一个陷阱。特调局行动队队长张凯是吴昆才的小舅子，此时正沾沾自喜地在郑翊面前邀功。曹旭东确系张凯的有意安排，为的是试探俞北平的真实身份。