一九三八年，在抗日战争、国共合作背景下，蒋介石听信谗言授命西安特务组织，密裁第十八集团军高级参议、中共党员宣侠父，此举引发中共强烈抗议。迫于舆论压力，国民党被迫在西安成立破反专署，调查宣侠父失踪案。中共地下党员、原中统特工武仲明，成为国共双方共同认可的破反专员。武仲明领衔的破反专署，集结了西安军、警、特和八路军西安办事处各路人马,敌中有我，我中有敌，错综复杂，调查之旅甫一启程即步步陷阱、危机四伏！武仲明彻查宣侠父案两个月间，不仅是刀锋上的对决，也是人性的较量。在地下党组织引领下，正义同道前仆后继追寻下，武仲明终于查明真相，拿到了密裁宣侠父手谕。迫于证据确凿，蒋介石不得不向中共认账，自吞苦果！

本剧出品人阎若洲则称，相比其他谍战剧，《密查》更苍凉，也更悲壮，它回归了人性与情感，在张弛有度的节奏中展现人物的成长史。总制片人穆小勇在谈及创作时也表示，“拍摄抗战背景下的谍战剧，在尊重历史的前提下塑造人物是我们的原则，让更多人了解这段历史更是我们的责任。”据悉，《密查》剧组横跨山西、上海、江苏三省拍摄，足迹遍布太原、晋中、平遥、祁县、骊山、太谷、上海、常州、苏州等地。大到轰炸西安古城的拍摄，小到一张谈判桌上各方势力制衡，全剧制作在细节上精益求精。穆小勇还透露，目前《密查》的后期制作已经接近尾声，负责剪辑的是宁浩的御用剪辑师乔爱宇，她曾负责《黄金大劫案》、《心花怒放》等电影的剪辑工作。音乐团队则邀请了曾经获得金马奖提名的资深音乐人何淼澍，欲将紧张的谍战剧情透过音乐渲染出更加悬疑的气氛。